La diversidad humana fue, a lo largo de nuestra historia, una fuente continua de conflictos. La tendencia que tenemos los humanos a la protección de nuestra familia, o nuestra tribu, hace que tengamos una tendencia muy fuerte a ser agresivos con lo diferente. Aun hoy en día, los perjuicios raciales asoman por todas partes en nuestra civilización. Muchas personas adjudican características y capacidades diferentes a los diferentes grupos humanos, en base la una supuesta diferencia genética. Sin embargo estas diferencias en nuestro genoma representan sólo uno 0,01%. Factores climáticos y alimentarios parecen estar en el origen de las diferencias en el fenotipo de los diversos grupos humanos
La polémica sobre las diferencias raciales fue alimentada por intereses religiosos y/o políticos. Las religiones "del pueblo elegido" explicaron las diferencias raciales a partir de la creación deliberada por parte de la divinidad de razas superiores e inferiores. La teoría creacionista sin embargo no es capaz de explicar la diversidad genética actual.
Actualmente la posibilidad del análisis genético amplió mucho la investigación sobre nuestros orígenes. En la década de los 90 se publicaron los primeros estudios basados en el análisis mitocondrial, y hoy en día el ambicioso proyecto "Genografic" busca nuestros orígenes, que parecen ser comunes para todos los humanos, en África.
La teoría del origen único del ser humano en África, o teoría de la "Eva Negra", afirma que los individuos existentes hoy en día proceden de una única mujer, no porque sólo existiera esta, sino porque las restricciones de la población por las enfermedades, y la limitación de los recursos hizo que sólo se transmitiera ese ADN mitocondrial. Además el ADN mitocondrial de aquellas mujeres que sólo parieran varón se habría perdido también, pues este tipo de ADN sólo se transmite de forma matrilineal.
La teoría de la Eva Negra tiene algunas limitaciones debido a su objeto de estudio, por eso hoy en día están intentándose otras líneas de investigación genética alrededor del cromosoma Y. Entre los primeros datos que se obtuvieron de esta investigación está e hallazgo de que, mientras las variaciones del ADN mitocondrial están muy extendidos por todo el mundo, los diferentes tipos del cromosoma Y están limitados de forma espacial.
Eso coincide con la hipótesis de que fueron las mujeres las que llevaron sus genes por todo el mundo al cambiar su grupo de residencia por el de su pareja.
El profesor Arsuaga e Ignacio Martinez del proyecto Atapuerca, exploran en su libro "La Especie Elegida" las explicaciones alrededor del origen del ser humano. Tomando como base los datos que aporta la excavación de Atapuerca, en Burgos (España), pudieron confirmar la hipótesis de que la expansión del Homo sapiens, aunque partió de África, tuvo lugar en varias fases, una de las cuales fue la que originó los yacimientos de los que se ocupa este proyecto.
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